培训手册DNA版

基因有限公司生命科学组基因有限公司生命科学组基因有限公司生命科学组基因有限公司生命科学组2008年年年年1月月月月HDA-GT12TM全自动毛细管核酸分析系统全自动毛细管核酸分析系统全自动毛细管核酸分析系统全自动毛细管核酸分析系统培训手册培训手册培训手册培训手册DNADNADNADNA版版版版基因有限公司1目目目目录录录录一、HDA-GT12TM全自动毛细管核酸分析系统简介-------------2二、HDA-GT12TM全自动毛细管核酸分析系统安装和维护----3三、GelCartridege凝胶卡夹的安装及背景校正-----------------4四、培训所需试剂、仪器及耗材-------------------------------------10五、DNA样品演示实验------------------------------------------------11六、BioCalculatorTM软件基本功能及数据分析-------------------12七、常见问题解答--------------------------------------------------------20基因有限公司2一一一一．．．．HDA-GT12TM全自动全自动全自动全自动毛细管核酸分析毛细管核酸分析毛细管核酸分析毛细管核酸分析系统介绍系统介绍系统介绍系统介绍eGene是位于美国加州的一个新兴的生物技术公司，其主打产品是HDA-GT12TM，用于高通量DNA/RNA分离分析，该产品广泛用于遗传分析，疾病检测以及食品鉴定等方面。相比其它同类产品，其特点是高通量、低消耗、自动化、安全化、标准化。（（（（一一一一））））产品介绍产品介绍产品介绍产品介绍：：：：技术参数：1．自动加样自动化加样；2．高通量每次可分析96个样品；3．无需制胶即开即用凝胶卡夹，4、8、12通道可选；4．快速分析1－1.3小时/96个样品；5．高灵敏度PCR产物检测最低DNA浓度为0.1ng/ul；6．高分辨率500bp以下达2－5个bp；7．数据显示电泳图谱和峰图8．体积小便于搬运；9．安全无敞开式EB污染；10．重量23kg（（（（二二二二））））BioCalculatorTM软件软件软件软件1．操作简单，多种内嵌式方法模板适用各种用途2．数据分析界面友好：既可用于定性分析也可用于定量分析，一次完成多组数据分析3．数字化实验数据采集：
实验数据以电泳峰图和胶图两种形式显示
可适时浏览电泳峰图和胶图
电子化实验数据方便储存和传递基因有限公司3二二二二．．．．HDA-GT12TM全自动毛细管核酸分析系统安装和维护全自动毛细管核酸分析系统安装和维护全自动毛细管核酸分析系统安装和维护全自动毛细管核酸分析系统安装和维护（（（（一一一一））））安装条件安装条件安装条件安装条件1．位置要求：稳定水平的操作平台放置仪器，远离震荡设备。2．温度要求：常温3．湿度要求：40％－95％4．电源：100-230V~,50-60Hz,360W(VA)5．电脑要求：
Processor处理器：PentiumIV1.8或更高
硬盘：40GB
内存：512MBRAM
显示器：800x600
操作系统：Microsoft®Windows®XP（（（（二二二二））））维护维护维护维护用湿布清洁仪器的外表面。不能灭菌，不需要用化学物质清洁仪器外表面，否则可能会引起表面损坏。如果矿物油偶尔滴在样品支架或溢出到样品支架时，用热水和肥皂水清洗（和新卡夹第一次使用时清洗的过程相同）。凝胶卡夹的储存温度推荐为15℃－25℃，相对湿度为40％－95％。基因有限公司4三三三三．．．．GelCartridege凝胶卡夹的凝胶卡夹的凝胶卡夹的凝胶卡夹的安装及安装及安装及安装及背景背景背景背景校正校正校正校正（（（（一一一一））））凝胶卡夹的安装凝胶卡夹的安装凝胶卡夹的安装凝胶卡夹的安装1．用温和的去污剂清洗盛溶液的试剂槽，然后用去离子水彻底冲洗干净2．分别加8ml的DNAWashingSolution到盛溶液的试剂槽的WP和WI槽3．加16ml的SeparationBufferSolution到盛溶液的试剂槽的BUF槽4．然后加2ml的矿物油到WP和WI槽，加4ml的矿物油到BUF槽，防止洗液和分离液挥发（图1）图15．加15ul的AlignmentMarker到0.2ml的连管中，每孔加一滴矿物油，然后插入到盛溶液的试剂槽的MARKER1的位置（图2）6．加15ul的IntensityCalibrationMarker到彩色的0.2ml的连管中，然后插入到盛溶液的试剂槽的MARKER2的位置（图2）图2基因有限公司57．点击InstrumentControl上的ChangeBuffer按钮，仔细将盛满溶液的试剂槽放到仪器的对应支架上8．去掉凝胶卡夹后面的封胶带，打开仪器上的卡夹门，将凝胶卡夹正面朝前插入仪器卡夹内，凝胶卡夹上的加密钥匙插入仪器相应的适配器中，关上卡夹门，凝胶卡夹的ID号将会在仪器的控制面板上显示（图3）。图3注意注意注意注意：：：：A.使用过的AlignmentMarker的四联管在仪器未运行时，应置于-20°C保存，再次使用时，应先室温平衡并离心。B.建议运行15-20次或隔3天，更换新的AlignmentMarker。C.确保联管放置比较宽松，如果太紧，可能导致上样出现问题，严重的甚至可能导致毛细管损坏。基因有限公司6（（（（二二二二））））凝胶卡夹通道凝胶卡夹通道凝胶卡夹通道凝胶卡夹通道的的的的背景校正背景校正背景校正背景校正1．双击快捷图标，进入软件操作，在File下选中IntensityCalibration（图4）图42．此时弹出IntensityCalibration对话框，点击start运行程序（图5A）图53．之后，仪器会自动完成卡夹的自检、2次背景校正程序（图6）及背景校正的验证程序（图7）基因有限公司7图6基因有限公司8图7图74．程序结束后，软件会自动弹出校正结果界面（图8）基因有限公司9图8背景校正程序结束后，会在图8的对话框中显示每一个泳道的校正情况，或者“Pass”或者是“Fail”。注意：正常的校正数值范围是：0.004-0.006。如果校正没有通过，即校正数值不在0.004-0.006范围内，则需要进行重新校正。重新校正的程序如下：1).更换新的背景校正marker2).点击Recalibrate按钮，图9图93).点击Start,重新进行背景校正程序，图10基因有限公司10图10四四四四．．．．培训所需试剂培训所需试剂培训所需试剂培训所需试剂、、、、仪器及耗材仪器及耗材仪器及耗材仪器及耗材（（（（一一一一））））试剂试剂试剂试剂1．DNAGelCartridge（GC-5000-4）2．TEBuffer（PH=8.0）（（（（二二二二））））仪器及耗材仪器及耗材仪器及耗材仪器及耗材1．台式离心机2．移液器3．0.2mlPCR反应管，Tip头，手套等以上物品请用户提前准备妥当，我公司培训人员将使用以上物品进行仪器使用的培训工作。如不具备请及时与培训技术人员联系。基因有限公司11五五五五．．．．DNA样品样品样品样品演示演示演示演示实验实验实验实验（（（（一一一一））））样品准备样品准备样品准备样品准备PCR样品提示：有些PCR的反应kit盐的含量过高，用PH8.0的TE稀释能得到更好的结果（（（（二二二二））））实验操作步骤实验操作步骤实验操作步骤实验操作步骤1．双击快捷图标，进入软件操作，在File下选中InstrumentControl2．点击ChangeBuffer按钮，将加有样品的PCR管（或96孔板）放在仪器96孔板载物台上，最少上样体积10ul3．选择合适的分离方法，如：OM500（图12A）4．输入样品类型、位置和分离重复次数（图12B）5．点击Sampleinfo按钮，输入和样品孔对应的样品名称（图12F）6．确认所用到的通道均已选中（图12G）7．检查仪器的状态，Pres1：OK；Pres2：OK；SD：Closed；CD：Closed。8．当仪器状态为“图7”中所示时，点击Run，运行程序（图12J）基因有限公司12图12六六六六．．．．BioculatorTM软件基本功能及软件基本功能及软件基本功能及软件基本功能及数据分析数据分析数据分析数据分析（（（（一一一一））））软件的基本功能软件的基本功能软件的基本功能软件的基本功能基因有限公司13图13InstumentControl显示仪器的程序编辑界面，列出了仪器所有的功能显示当前凝胶卡夹可以使用的方法命名分离样品的类型分离样品的位置仪器的上样时间，可以在0-60s之间选择分离样品的重复次数或排数如果选中，仪器将自动从A行上样，依次到Ｂ、C、D、E、F、G和H行输入和样品孔对应的每个样品的名字锁住仪器内的凝胶卡夹更换仪器内的凝胶卡夹基因有限公司14定位凝胶卡夹到盛溶液的试剂槽的WP槽移动盛溶液的试剂槽和支架，方便更换溶液和放置样品调用分离实验中使用的Referencemarker（（（（二二二二））））软件数据分析软件数据分析软件数据分析软件数据分析1．实验运行结束后，打开Analysis，点击Parameter（图14）图142．检查Firstpeak和Lastpeak已经打“√”，作为默认设置。然后点击OK（图15）图153．打开Analysis，点击Run4．以Alignmentmarker条带为标准，进行泳道之间的均一化校正（图16）。基因有限公司15图165．确定DNA样品的大小和浓度（1）双击Marker通道上面的彩色条带或直接在界面下方打开Marker泳道的数据界面，放大实验结果，确认所有的峰均在对照阈值之上（2）打开Analysis，点击ReferenceMarkers，然后点击Open，显示eGene内置的ReferenceMarkers列表。选中目的Marker，显示目的Marker的条带（图17）图17基因有限公司16（3）输入第一条和最后一条Alignmentmarker的大小，如第一条为15pb，最后一条为5000bp（图18，图19）。图18图19（4）点击copy按钮，将结果图表中的“Reltime”“NA”的数据复制到referencemarker图表中对应的位置（图20）。基因有限公司17图20（5）点击save，结合marker名字和实验方法重新命名referencemarker，点击Save按钮（图21）图21（6）打开Analysis，点击Run，条带的大小和浓度出现在实验结果的图表上（图22）。基因有限公司18图22（（（（三三三三））））数据输出数据输出数据输出数据输出1.数据分析完成后，关闭分析窗口并保存相关数据。2.选择File，点击Export按钮（图23）。图233．显示96孔板图像创建面板（图24）基因有限公司19图244．点击Plate目录下Select按钮，选择需要分析的数据保存的文件夹5．点击Image/Resultfilename目录下Select按钮，选择图像将要保存的文件夹6．在Filetoprocess窗口，选择需要分析的样品数量；全选，单击SelectAll按钮7．在Property窗口，选择图像显示的内容，如size、concentration、name等8．在ImageFomat选择图像的排列方式、分辨率和保存格式9．点击Process按钮。要查看输出的报告，直接进入图像保存的文件夹即可（图25）。基因有限公司20图25基因有限公司21七七七七．．．．常见问题解答常见问题解答常见问题解答常见问题解答Q：仪器不能打开？A：1．检查电源是否连接好2．保险丝断了，更换保险丝Q：仪器不能运行？A：1．检查样品门和卡夹门是否关闭2．没有检测到凝胶卡夹的加密钥匙3．氮气