生物信息学与次生代谢产物

天然代谢产物与生物信息学陈璟2012.11.061、天然产物的预测2.PKS/NRPS中的生物信息学3、案例主要内容隐形生物合成基因簇隐形生物合成基因簇（crypticgeneclusters）又叫做孤儿基因簇（Orphangeneclusters），是指那些编码未知产物的基因簇，它们通常情况下处于沉默状态，不被表达。以genomemining、datemining为手段的生物信息学方法被认识是发现和挖掘这些隐形生物合成基因簇的有力方法。（Gross,etal.2007）AppliedMicrobiologyandBiotechnology,2007,75(2):267-277Genomemining技术分离天然产物的策略聚酮类化合物聚酮类化合物(polyketide，PK)和非核糖体多肽(nonribosomalpeptide，NRP)都是一大类由细菌、真菌和植物将低聚物通过连续的缩合反应产生的天然产物，是当前国际化学与生物学交叉学科研究的热点之一，也正在发展成为药物创新超常规的重要手段。红霉素(erythromycin)、西罗莫司(sirolimus,rapamycin)、利福霉素(rifamycin)、洛伐他汀、黄曲霉素、伏马菌素等。脂肪酸代谢途径所有的FAS都有同样的组成（KSACPKRDHERTE）和一个协助者MAT。整个通路有两个模块，一个是乙酸盐（链起始），一个是丙二酸盐（链的延伸）聚酮类合成的途径红霉素合成基因簇I型PKS迭代型PKSPKS-黄曲霉毒素Ⅲ型PKS查尔酮型NRPS及PKS-NRPS杂合PKS/NRPS中的生物信息学相关数据库workflow基于基因组序列的产物预测10376–10381PNASJune19,2007vol.104no.25:Minowaprediction,AT1:malPKScodeprediction,AT1:malPredictiondetailsKRactivity,KR1:activeKRstereochemistry,KR1:?Minowaprediction,AT2:mmalPKScodeprediction,AT2:mmalPredictiondetailsKRactivity,KR2:activeKRstereochemistry,KR2:B1Minowaprediction,AT3:mmalPKScodeprediction,AT3:mmalPredictiondetailsKRactivity,KR3:activeKRstereochemistry,KR3:B1Minowaprediction,AT4:malPKScodeprediction,AT4:malPredictiondetailsKRactivity,KR4:activeKRstereochemistry,KR4:B1orf00030:Minowaprediction,AT1:malPKScodeprediction,AT1:malPredictiondetailsKRactivity,KR1:activeKRstereochemistry,KR1:B1Minowaprediction,AT2:malPKScodeprediction,AT2:malPredictiondetailsKRactivity,KR2:activeKRstereochemistry,KR2:B1orf00031:Minowaprediction,AT1:mmalPKScodeprediction,AT1:mmalPredictiondetailsKRactivity,KR1:activeKRstereochemistry,KR1:?orf00032:Minowaprediction,AT1:malPKScodeprediction,AT1:malPredictiondetailsKRactivity,KR1:activeKRstereochemistry,KR1:?Minowaprediction,AT2:malPKScodeprediction,AT2:malPredictiondetailsKRactivity,KR2:activeKRstereochemistry,KR2:?orf00033:Minowaprediction,AT1:malPKScodeprediction,AT1:malPredictiondetailsKRactivity,KR1:activeKRstereochemistry,KR1:B1Minowaprediction,AT2:malPKScodeprediction,AT2:malPredictiondetailsKRactivity,KR2:activeKRstereochemistry,KR2:??X原文中是否漏掉了一个合成域stro2550起始底物如果为赖氨酸需要修饰两个官能团根据文章公布的基因簇序列，在附近只发现一个赖氨酸6-单氧酶，且比对结果非常的低，大多数基因都未知。起始底物为甘氨酸而非赖氨酸？