生物信息学4640545076

互联网生物信息资源BioinformaticsResourcesontheInternet罗静初北京大学生物信息中心[e-mail]年2月2日，北京大学燕北园300多位教师的家用计算机接入Internet；2001年2月12日，北京大学2000多个本科生宿舍的计算机接入Internet.BioMedXBioinformatics网络时代的生命科学和生物技术产业讨论会9-10Apr2001首届中国生物信息学大会11-13Apr2001IDPSPPF1standard;RNA;PLN;1523BP.ACY12618;SVY12618.1DT30-JUN-1997(Rel.52,Created)DT02-FEB-1999(Rel.58,Lastupdated,Version4)DEPisumsativummRNAforPPF-1proteinKWppf-1gene;PPF-1protein.OSPisumsativum(pea)OCEukaryota;Viridiplantae;Streptophyta;Embryophyta;Tracheophyta;OCeuphyllophytes;Spermatophyta;Magnoliophyta;eudicotyledons;OCcoreeudicots;Rosidae;eurosidsI;Fabales;Fabaceae;Papilionoideae;OCPisum.RN[1]RAZhuY.,ZhangY.,LuoJ.,DaviesP.J.,HoD.T.H.;RTPPF-1,apost-floral-specificgeneexpressedinshort-day-grownG2pea,RTmaybeimportantforitsnever-senescingphenotype;RLGene208:1-6(1998).RN[3]RP1-1523RAZhangY.;RT;RLSubmitted(02-FEB-1999)totheEMBL/GenBank/DDBJdatabases.RLY.Zhang,PekingUniversity,Box28,CollegeofLifeSciences,Beijing,RL100871,PRCDRDemeter;Y12618;Y12618.DRMENDEL;14275;Pissa;2332;14275.DRSPTREMBL;O04699;O04699.FHKeyLocation/QualifiersFHFTsource1..1523FT/db_xref=taxon:3888FT/organism=PisumsativumFT/strain=G2FT/dev_stage=pre-floralseedlingsFT/tissue_type=apicalbudFT/clone_lib=lambdaZAPIIFTCDS48..1376FT/db_xref=SPTREMBL:O04699FT/gene=ppf-1FT/product=PPF-1proteinFT/protein_id=CAA73179.1FT/translation=MAKTLISSPSFLGTPLPSLHRTFSPNRTRLFTKVQFSFHQLPPIQFTSVSHSVDLSGIFARAEGLLYTLADATVAADAAASTDVAAQKNGGWFGFISDGMEFVLKVFTLKDGLSSVHVPYSYGFAIILLTVIVKAATLPLTKQQVESTLAMQNLQPKIKAIQERYAGFTNQERIQLETSRLYTQAGVNPLAGCLPTLATIPVWIGLYQALSNVANEGLLTEGFLWIPSFTLGGPTSIAARQSGSGISWLFPFVDGHPLLGWYDTAAYLVLPVLLIVSQYVSMEIMKPPQFTTNDPNQKNTLLIFKFLPLMIGYFSLSVPSGLTIYWFTNNVLSTAQQVWLRKLGGAKPAVFTNENAGGIITAGQAKRSASKPEKGGERFRQLKEEEKKKKLIKALPVEEVQPLASASASNDFTGSDVENNKEQEVTEESNTSKVSQEVQSFSRERRSKRSKRKPVASQSequence1523BP;421A;325C;311G;466T;0other;ctcaagccttcaagcctgaagcgtctcgtacacaaaccttctcatccatggcgaagacac60tgatttcttctccatcattcctcggtactccacttccttcacttcaccgtactttctccc120ctaatcgcaccaggcttttcaccaaagttcaattcagtttccaccaacttcctccgattc180......ggaccacatacatttgtttgtagtttatagtaagttttgtatatgtcaaacagtttgtat1440catttttgggttgacaattttattgaacatgttatttaatcatgcaaaatatcttttgtt1500tcatttaagttccacatgttagc1523//•编号：U00096•名称：Escherichiacoli•菌株：K-12MG1655•基因数：4293个•碱基数：4639221bp生物信息的开发和应用•以核酸蛋白质等生物大分子为主要研究对象•以信息、数理、计算机科学为主要研究手段•以计算机网络为主要研究环境•以计算机软件为主要研究工具•对序列数据进行存储、管理、注释、加工•对各种数据库进行查询、搜索、比较、分析•构建各种类型的专用数据库信息系统•研究开发面向生物学家的新一代计算机软件生物信息学研究•利用数理统计、模式识别、动态规划、密码解读、语意解析、信令传递、神经网络、遗传算法以及隐马氏模型等各种方法•对序列、结构数据进行定性和定量分析，从中获取基因编码、基因调控、序列-结构-功能关系等理性知识•阐明细胞、器官和个体的发生、发育、病变、衰亡的基本规律和时空联系•探索生命起源、生物进化、生命本质等重大理论问题，最终建立“生物学周期表”生物信息学–研究方向•基因组序列装配•基因识别•基因功能预报•基因多态性分析•基因进化•mRNA结构预测•基因芯片设计•基因芯片数据分析•疾病相关基因分析•蛋白质序列分析•蛋白质家族分类•蛋白质结构预测•蛋白质折叠研究•代谢途径分析•转录调控机制•蛋白质芯片设计•蛋白质芯片数据分析•药物设计引自NeilCampbell著Biology第4版,996生物进化数据信息知识理论实验生物学计算生物学理论生物学国际著名生物信息中心BioinformaticsCentresNCBINationalCenterforBiotechnologyInformation(US)EBIEuropeanBioinformaticsInstitute(EU)HGMPHumanGenomeMappingProjectResourceCentre(UK)ExPASyExpertofProteinAnalysisSystem(Switzerland)CMBICentreofMolecularandBiomolecule(TheNetherlands)ANGISNationalGenomeInformationService(Australia)NIGNationalInstituteofGenetics(Japan)BICNationalBioinformaticsCentre(Singapore)欧洲分子生物学网络组织(EMBnet)EuropeanMolecularBiologyNetworkEMBnet为国际著名生物信息学组织，为世界各国提供生物信息资源，并合作进行生物信息的研究、开发、应用和人才培训。EMBnet国家节点欧洲:奥地利、比利时、丹麦、法国、芬兰、德国、希腊匈牙利、爱尔兰、以色列、意大利、挪威、波兰、葡萄牙、斯洛伐克、西班牙、瑞典、瑞士、荷兰、土耳其、英国亚洲:中国、印度澳洲:澳大利亚北美洲:加拿大非洲：南非南美洲:阿根廷、古巴、智利、墨西哥UK亚太生物信息学网络组织中国节点生物技术和信息技术是21世纪的两大经济发展支柱，生物信息学是生命科学和信息科学的结合点，是当今自然科学新的前沿领域。生物信息资源建设是生物信息研究开发的基础。1996年，北京大学加入欧洲分子生物学网络组织，成为该组织的中国国家节点，并成立生物信息中心，为生物、医学、制药、农业、环境等领域的研究开发提供生物信息资源服务，并开展二次数据库构建、软件集成、基因组分析等研究。欧洲分子生物学网络组织中国国家节点NationalNodeEuropeanMolecularBiologyNetwork北京大学生物信息中心CentreofBioinformaticsPekingUniversity数据库查询数据库搜索文件下载网络教程网络新闻序列分析序列装配分子模型结构分析药物设计2000年CBI主服务器页面访问量安装了70多个数据库，提供200多种软件下载建立了14个国外著名生物信息中心镜象提供了数据库和文献查询、搜索构建了中华民族基因多样性等专用数据库集成和开发了基于Web的生物信息软件工具开展了分子模拟、序列分析等应用研究举办了国际国内培训班、讲习班、讨论会开设了生物信息学概论研究生课程中华民族基因多样性数据库转录因子细胞特异性数据库Cytomer蛋白质结构域数据库Domain蛋白质回环数据库Loop水稻矮缩病毒数据库RDV二硫键信息数据库Bridge构建二次数据库中华民族基因多态性数据库水稻矮缩病毒基因组数据库转录因子细胞特异表达数据库蛋白质回环数据库蛋白质二硫键数据库廖黔宁，罗静初，周培爱，顾孝诚，梁宋平，虎纹捕鸟蛛毒素-I突变体的设计、合成和活性鉴定，中国生物化学和分子生物学学报,5(5):756-761,1999年。SYLu,PCDeng,XCLiu,JCLuo,RSHan,XCGu，SPLiang,XCWang,FLi,VLozanov,APatthyandSPongor,SolutionstructureoftheMajora-amylaseinhibitorofthecropplantamaranth，J.Biol.Chem.274(29):20473-20478,1999.拟南芥突变体库数据库—北大耶鲁合作项目ComputerAidedVaccineDesignSystemDatabaseArticlesLabWorkAlgorithm(ANN),AnalysisProgram,AdjustProgram…DataFlowRight/Wrong?Right/Wrong?AnswerAnswer生物信息学应用研究–分子模型LiuY,LuoJ,XuC,RenF,PengC,WuG,ZhaoJ,Purification,characterization,andmolecularcloningofthegeneofaseed-specificantimicrobialproteinfrompokeweed.PlantPhysiol122(4):1015-24,2000.生物信息学应用研究–序列分析ZhuY,Zhang,Y,LuoJ,DaviesPJ,HoDT,PPF-1,APost-floral-specificGeneExpressedinShort-dayGrownG2Pea,MayBeImportantforitsnever-senescingphenotype.Gene,16(1),1-6,1998.生物信息学应用研究–分子模拟图1从N端看Helix4螺旋结